04 Data Files

Scatches

thinking: why external and processed? original thought external is the folder for downloading data from ENCODE portal processed is the data I got from others

Download external data

Summary

PROJECT/data/external
├── (encode_astarr_csaw)
├── encode_chipseq_flagship
├── encode_chipseq_histone
├── encode_chipseq_subset
├── encode_chromatin_states
├── encode_crispri_hcrff
├── encode_open_chromatin
├── encode_e2g_benchmark
├── encode_e2g_prediction
├── encode_rnaseq
├── (genome_gencode)
├── (genome_ncbi_refseq)
├── genome_gene
├── genome_cres
├── genome_tss
├── hic_insitu_K562_ENCSR545YBD
├── hic_intact_K562_ENCSR479XDG
├── hic_intact_K562_deep
├── chrom.sizes.hg19
├── chrom.sizes.hg38
├── chrom.list.main
├── chrom.list.auto
└── chrom.list.sex

Detailed

PROJECT/data/external
├── encode_open_chromatin
│   ├── K562.hg38.ENCSR000EKS.ENCFF274YGF.DNase.bed.gz
│   ├── K562.hg38.ENCSR000EOT.ENCFF185XRG.DNase.bed.gz
│   ├── K562.hg38.ENCSR483RKN.ENCFF558BLC.ATAC.bed.gz
│   ├── K562.hg38.ENCSR483RKN.ENCFF925CYR.ATAC.bed.gz
│   ├── K562.hg38.ENCSR868FGK.ENCFF333TAT.ATAC.bed.gz
│   └── K562.hg38.ENCSR868FGK.ENCFF948AFM.ATAC.bed.gz
│   
├── encode_chromatin_states
│
├── encode_chipseq_flagship
├── encode_chipseq_subset
├── encode_crispri_hcrff
│   ├── K562.hg38.ENCSR793WTM.ENCFF863AVQ.CRISPRi_HCRFF.CASA.CAPRIN1.bed.gz
│   ├── K562.hg38.ENCSR794SPV.ENCFF619FXH.CRISPRi_HCRFF.CASA.CAT.bed.gz
│   ├── K562.hg38.ENCSR157WAN.ENCFF270LYK.CRISPRi_HCRFF.CASA.CD164.bed.gz
│   ├── K562.hg38.ENCSR979QQN.ENCFF813GCK.CRISPRi_HCRFF.CASA.ERP29.bed.gz
│   ├── K562.hg38.ENCSR382ZJS.ENCFF786ZPA.CRISPRi_HCRFF.CASA.FADS1.bed.gz
│   ├── K562.hg38.ENCSR968CIN.ENCFF149IDL.CRISPRi_HCRFF.CASA.FADS2.bed.gz
│   ├── K562.hg38.ENCSR630WLB.ENCFF227DUX.CRISPRi_HCRFF.CASA.FADS3.bed.gz
│   ├── K562.hg38.ENCSR278YTB.ENCFF151MNC.CRISPRi_HCRFF.CASA.FEN1.bed.gz
│   ├── K562.hg38.ENCSR917XEU.ENCFF413WYU.CRISPRi_HCRFF.CASA.GATA1.bed.gz
│   ├── K562.hg38.ENCSR564EPW.ENCFF845YHV.CRISPRi_HCRFF.CASA.HBE1.bed.gz
│   ├── K562.hg38.ENCSR449NJV.ENCFF811PPJ.CRISPRi_HCRFF.CASA.HBG1.bed.gz
│   ├── K562.hg38.ENCSR459QNY.ENCFF910PDZ.CRISPRi_HCRFF.CASA.HBG2.bed.gz
│   ├── K562.hg38.ENCSR759RSA.ENCFF337VVS.CRISPRi_HCRFF.CASA.HBS1L.bed.gz
│   ├── K562.hg38.ENCSR009KPS.ENCFF632PQY.CRISPRi_HCRFF.CASA.HDAC6.bed.gz
│   ├── K562.hg38.ENCSR321CEH.ENCFF469FXP.CRISPRi_HCRFF.CASA.LMO2.bed.gz
│   ├── K562.hg38.ENCSR940PYU.ENCFF894DJT.CRISPRi_HCRFF.CASA.MEF2C.bed.gz
│   ├── K562.hg38.ENCSR408VHJ.ENCFF091IOP.CRISPRi_HCRFF.CASA.MYB.bed.gz
│   ├── K562.hg38.ENCSR825SFH.ENCFF240IPT.CRISPRi_HCRFF.CASA.MYC.bed.gz
│   ├── K562.hg38.ENCSR393VDD.ENCFF270ZLE.CRISPRi_HCRFF.CASA.NMU.bed.gz
│   └── K562.hg38.ENCSR496MZF.ENCFF005DTR.CRISPRi_HCRFF.CASA.PVT1.bed.gz
│
├── encode_e2g
├── encode_rnaseq
├── (genome_tss)
├── 
├── hic_insitu_K562_ENCSR545YBD
│   ├── ENCFF621AIY.hic
│   ├── K562.ENCSR479XDG.ENCFF126GED.contact_domains.bedpe.gz
│   └──K562.ENCSR479XDG.ENCFF256ZMD.loops.bedpe.gz
│
├── hic_intact_K562_ENCSR479XDG
├── hic_intact_K562_deep
├── chrom.sizes.hg19
├── chrom.sizes.hg38
├── chrom.list.main
├── chrom.list.auto
└── chrom.list.sex

Acquire processed data

Summary

PROJECT/data/processed
├── STARR_ATAC_K562_Reddy_KS91_210401
├── STARR_ATAC_K562_Reddy_KS274_240311
├── STARR_WHG_K562_Reddy_A001_Alex
├── STARR_WHG_K562_Reddy_A001_Kari
├── MPRA_Tiling_K562_Tewhey_Hannah
├── MPRA_Lenti_K562_Nadav_Vikram_230621
├── CRISPRi_FlowFISH_K562_Riley_JinWoo
├── CRISPRi_Growth_K562_Gersbach_Alex
├── fcc_trackhub_JinWoo
├── fcc_enhancer_Junke_zscore
├── TF_modules_Shannon
└── 

Detailed (Folder)

PROJECT/data/processed
├── STARR_ATAC_K562_Reddy_KS91_210401
│   ├── fragments
│   └── peaks
├── STARR_ATAC_K562_Reddy_KS274_240311
│   └── fragments
├── STARR_WHG_K562_Reddy_A001_Alex
│   └── fragments
├── STARR_WHG_K562_Reddy_A001_Kari
│   └── superstarr
│       ├── input_libs
│       └── output_libs
├── CRISPRi_Growth_K562_Gersbach_Alex
│   ├── guides
│   └── region
├── CRISPRi_Growth_K562_Gersbach_JinWoo
│
├── CRISPRi_FlowFISH_K562_Riley_JinWoo
│
├── fcc_trackhub_JinWoo
│
├── fcc_enhancer_Junke_zscore
│
├── TF_modules_Shannon
└── 

Detailed (Files)

PROJECT/data/processed
├── STARR_ATAC_K562_Reddy_KS91_210401
│   ├── fragments
│   │   ├── KS91_K562_hg38_ASTARRseq_Input_rep1.masked.dedup.fragments.counts.txt.gz
│   │   ├── KS91_K562_hg38_ASTARRseq_Input_rep1.masked.exclude_dups.cpm.bw
│   │   ├── KS91_K562_hg38_ASTARRseq_Input_rep2.masked.dedup.fragments.counts.txt.gz
│   │   ├── KS91_K562_hg38_ASTARRseq_Input_rep2.masked.exclude_dups.cpm.bw
│   │   ├── KS91_K562_hg38_ASTARRseq_Input_rep3.masked.dedup.fragments.counts.txt.gz
│   │   ├── KS91_K562_hg38_ASTARRseq_Input_rep3.masked.exclude_dups.cpm.bw
│   │   ├── KS91_K562_hg38_ASTARRseq_Input_rep4.masked.dedup.fragments.counts.txt.gz
│   │   ├── KS91_K562_hg38_ASTARRseq_Input_rep4.masked.exclude_dups.cpm.bw
│   │   ├── KS91_K562_hg38_ASTARRseq_Input_rep5.masked.dedup.fragments.counts.txt.gz
│   │   ├── KS91_K562_hg38_ASTARRseq_Input_rep5.masked.exclude_dups.cpm.bw
│   │   ├── KS91_K562_hg38_ASTARRseq_Input_rep6.masked.dedup.fragments.counts.txt.gz
│   │   ├── KS91_K562_hg38_ASTARRseq_Input_rep6.masked.exclude_dups.cpm.bw
│   │   ├── KS91_K562_hg38_ASTARRseq_Output_rep1.f3q10.fragments.counts.txt.gz
│   │   ├── KS91_K562_hg38_ASTARRseq_Output_rep1.f3q10.sorted.with_umis.dedup.cpm.bw
│   │   ├── KS91_K562_hg38_ASTARRseq_Output_rep2.f3q10.fragments.counts.txt.gz
│   │   ├── KS91_K562_hg38_ASTARRseq_Output_rep2.f3q10.sorted.with_umis.dedup.cpm.bw
│   │   ├── KS91_K562_hg38_ASTARRseq_Output_rep3.f3q10.fragments.counts.txt.gz
│   │   ├── KS91_K562_hg38_ASTARRseq_Output_rep3.f3q10.sorted.with_umis.dedup.cpm.bw
│   │   ├── KS91_K562_hg38_ASTARRseq_Output_rep4.f3q10.fragments.counts.txt.gz
│   │   └── KS91_K562_hg38_ASTARRseq_Output_rep4.f3q10.sorted.with_umis.dedup.cpm.bw
│   └── peaks
│       ├── KS91_K562_hg38_ASTARRseq_Input.all_reps.masked.union_narrowPeak.q5.bed
│       └── KS91_K562_hg38_ASTARRseq_Input.q5.in_all.max_overlaps.bed
│
├── STARR_ATAC_K562_Reddy_KS274_240311
│   └── fragments
│       ├── 
│
├── STARR_WHG_K562_Reddy_A001_Alex
│   ├── fragments
│   │   ├── A001-input-K562-rep1.masked.dedup.fragments.counts.txt.gz
│   │   ├── A001-input-K562-rep2.masked.dedup.fragments.counts.txt.gz
│   │   ├── A001-input-K562-rep3.masked.dedup.fragments.counts.txt.gz
│   │   ├── A001-input-K562-rep4.masked.dedup.fragments.counts.txt.gz
│   │   ├── A001-K562-rep1.masked.dedup.fragments.counts.txt.gz
│   │   ├── A001-K562-rep2.masked.dedup.fragments.counts.txt.gz
│   │   └── A001-K562-rep3.masked.dedup.fragments.counts.txt.gz
│   └── peaks
│   
├── STARR_WHG_K562_Reddy_A001_Kari
│
├── MPRA_Tiling_K562_Tewhey_Hannah
│   └── tiling_counts
│       ├── OL13_20220512_counts.out
│       ├── OL13_20220512_normalized_counts.out
│       ├── OL43_20211228_counts.out      
│       ├── OL43_20211228_normalized_counts.out
│       ├── OL43_20221003_counts.out 
│       ├── OL43_20221003_K562_normalized_counts.out
│       ├── OL45_20220927_counts.out 
│       └── OL45_20220927_K562_normalized_counts.out
│
├── MPRA_Lenti_K562_Nadav_vikram
│
├── CRISPRi_FlowFISH_K562_Riley_JinWoo
│   └── track_bedgraph
│       ├── 
│       └── 
│
├── CRISPRi_Growth_K562_Gersbach_Alex
│   ├── k562-gw-v3-all.sorted.counts.results.hg38.txt.gz
│   └── k562-gw-v3-all.sorted.counts.results.top_guide_fdr_0_05.hg38.bed.gz
Readmd.md
│
├── fcc_trackhub_jinwoo
│   ├── track_bigwig
│   └── region
│       ├── tss_pol2
│       └── tss_tse_crispri_hcrff
│
├── fcc_enhancer_junke_zscore
│
├── TF_modules_K562_shannon
│
└──